La presidenta Claudia Sheinbaum anunció que el 2 de febrero se inaugurará finalmente la operación total del Tren El Insurgente desde Toluca hasta Observatorio, por ser una fecha significativa.
El 7 de julio de 2014 inició formalmente la obra, y dio el banderazo de arranque, el entonces secretario de Comunicaciones y Transportes, Gerardo Ruiz Esparza, acompañado del gobernador del estado de México, Eruviel Ávila.
Según el programa presentado en 2014, el proyecto estaba planteado para concluirse antes de 2017; sin embargo, sufrió retrasos debido a la inconformidad de los vecinos de Santa Fe, ya que el plan original contemplaba que un viaducto elevado de dos niveles (uno vehicular y uno ferroviario) se construyera sobre la avenida Vasco de Quiroga, en el pueblo de Santa Fe, dentro de una zona de difícil accesibilidad; y de los ejidatarios de la zona de Ocoyoacac, donde por medio de cimbras autodesplazables, se estaba construyendo el viaducto elevado más alto de todo el proyecto.
En octubre de 2020 se planteó el inicio de operaciones en el 2023. El 30 de junio del 2022, el subsecretario de Desarrollo Metropolitano, Pablo Basáñez, aseguró que el primer tramo de Toluca a Santa Fe estaría concluido y en operación antes de finalizar ese año.
El 1 de septiembre de 2023 se dio a conocer que el tren interurbano llevaría el nombre de El Insurgente, en honor a Miguel Hidalgo y Costilla, quien siguió la misma ruta hacia la Ciudad de México.
El 15 de septiembre de 2023 se inauguró el primer tramo: Zinacantepec-Lerma, con cuatro trenes en un inicio.
El 31 de agosto de 2024 se inauguró el segundo tramo: Lerma-Santa Fe.
En noviembre de 2013, durante la presidencia de Enrique Peña Nieto, se elaboró y publicó un informe de análisis de costo-beneficio para un sistema de transporte de cercanías entre la ciudad de Toluca y la Ciudad de México.
El proyecto inicialmente contemplaba dos posibles rutas para la obra:
Desde la estación Cuatro Caminos del metro de la Ciudad de México hacia el norte del municipio de Toluca, usando el derecho de vía del ferrocarril México–Toluca con un ramal que brinde servicio al Aeropuerto Internacional Lic. Adolfo López Mateos.
Desde la estación Observatorio del metro de la Ciudad de México hacia el sur de municipio de Toluca, usando el derecho de vía de la Autopista México–Toluca 134D en su mayor parte, para dar servicio a la zona de desarrollo inmobiliario de City Santa Fe y con un ramal que brinde servicio al Aeropuerto Internacional Lic. Adolfo López Mateos.
La primera ruta tuvo problemas de oposición de habitantes y problemas señalados por grupos ecologistas sin resolver, por lo que la segunda ruta fue elegida y posteriormente licitada a partir de abril de 2014. Inició su construcción el 7 de julio de 2014.
